Серыял адбываецца праз чатыры гады пасля падзей чароўнай лірычнай магічнай дзяўчынкі Nanoha StrikerS, падчас якіх чароўная дзяўчынка Наноха Такамачы выратавала і ўсынавіла маладую дзяўчынку па імі Вівіё, якая з'яўляецца рэінкарнацыяй санкт-кайзера Олівіі Сегбрэхт. Пасля паступлення ў чацвёрты год пачатковай школы Вівіё прадастаўляецца ўласным інтэлектуальным прыстасаваннем «Свяшчэннае сэрца» і набірае сілу для пераўтварэння з дапамогай рэжыму дарослага Сант-Кайзера. Неўзабаве яна сустракае дзяўчынку па імі Эйнхарт Стратос, якая, падобна да Вівіё, з'яўляецца нашчадкам іншага кіраўніка Санкт-Кайзера, Мароза Г. Інгвалта. Паколькі Эйнхарт рашуча даказвае, што яе стыль барацьбы з'яўляецца самым моцным, Вівіё сябруе з ёй і разам са сваімі сябрамі ўступае ў турнір баявых мастацтваў, дзе яны змагаюцца з рознымі магічнымі праціўнікамі і даведаюцца больш пра іх мінулае жыццё.
