Last Order пачынаецца, калі нанатэхналогіі Desty Nova уваскрашаюць Аліту ў плывучым горадзе Ціфарэс. Чорныя таямніцы горада злосна раскрытыя, але здаецца, што гэта маленькая частка складанага свету. Адпраўляючыся ў космас са старымі і новымі кампаніямі, каб даведацца больш пра сваё забытае мінулае і ў роўнай ступені шукаць свайго страчанага сябра Лу Колінза, Аліта апынулася ўцягнутай у міжпланетную бітву паміж галоўнымі сіламі Сонечнай сістэмы, якая была каланізавана. Па дарозе яна заключае альянс з трыма копіямі Аліты, якія цяпер пачалі верыць у сябе, сумным суперхакерам і самой Новай, калі ўдзельнічае ў Zenith of Things Tournament (ZOTT), баявым спаборніцтве, якое праводзіцца кожныя 10 гадоў. Уключаючы тое, як Зямля з'явілася пасля катаклізмаў зімы, якая знішчыла большасць публікі на працягу ўсёй даўжыні апавядання, паказана больш падрабязная гісторыя пра месца дзеяння Баявога анёла Аліты, якая не была раскрыта ў папярэднім радку.
